Les tomates rondes, les carottes orange, les bananes presque dépourvues de graines et les oranges douces ne sont pas des copies conformes des plantes connues des humains il y a des milliers d’années. La plupart des fruits et légumes qui arrivent aujourd’hui sur les étals résultent d’une longue histoire de domestication, de sélection et d’hybridation, au cours de laquelle l’être humain a remodelé les cultures en termes de taille, de goût, de couleur et de productivité, mais aussi, dans certains cas, de mode de reproduction.
La sélection des graines a commencé à façonner les cultures
La domestication de la plupart des cultures essentielles a commencé il y a entre 3 000 et 10 000 ans. Au fil des générations, les agriculteurs ont conservé les graines des plantes portant les fruits les plus gros, les plus savoureux, les moins amers et les plus productifs, puis les ont ressemées.
La répétition de ce processus a progressivement fait apparaître des cultures plus grosses et plus faciles à récolter, des milliers d’années avant le génie génétique moderne. Ces transformations ne résultaient ni d’une décision unique ni d’une expérience brève, mais se sont accumulées lentement, avec la sélection de certains caractères à chaque saison agricole.
Au fil du temps, la forme, les fruits et la composition des plantes ont changé, au point que certaines variétés cultivées sont devenues très différentes de leurs parentes sauvages, à l’origine de la domestication. L’orange douce est un exemple de fruit qui n’existait pas dans la nature sous sa forme actuelle, mais qui s’est constitué au terme d’une histoire complexe d’hybridations entre différentes lignées d’agrumes.
L’orange douce, fruit de l’hybridation des agrumes
Les études génétiques ont montré qu’elle combine un patrimoine génétique issu de la mandarine et du pamplemousse, tandis qu’une étude publiée par la revue « Nature Genetics » en 2025 a apporté une explication plus détaillée de son origine. Selon cette étude, l’orange douce serait issue d’une hybridation ancienne entre l’orange amère et la mandarine, alors que l’orange amère possède elle-même des origines génétiques remontant à la mandarine et au pamplemousse.
Les chercheurs ont conforté cette hypothèse grâce à des expériences d’hybridation artificielle, qui illustrent la multiplicité des étapes ayant précédé l’apparition du fruit doux connu aujourd’hui. L’orange n’est pas la seule à avoir cette histoire: certaines variétés de citron, de pamplemousse et plusieurs agrumes modernes sont nées d’hybridations répétées.
Planter une graine prélevée sur une orange ne garantit pas d’obtenir un arbre conservant les caractéristiques du fruit d’origine. Les agriculteurs greffent donc les branches des arbres recherchés sur les porte-greffes d’autres arbres afin de préserver les caractéristiques de la même variété. La différence apparaît plus nettement encore lorsqu’on compare la banane commerciale à ses parentes sauvages.
La parthénocarpie a produit des bananes contenant peu de graines
La banane sauvage porte de grosses graines noires et dures, et ses fruits ne contiennent qu’une quantité limitée de pulpe comestible. La banane moderne est apparue après la sélection de plantes combinant une faible fertilité et la capacité de produire des fruits sans fécondation, un phénomène appelé « parthénocarpie ». Cette sélection a produit, génération après génération, des bananes tendres presque dépourvues de graines dures.
Les études génétiques indiquent que la majorité des variétés cultivées descendent principalement de deux espèces sauvages: « Musa acuminata » et « Musa balbisiana ». De nombreuses variétés de bananes de table modernes possèdent 3 jeux de chromosomes, une structure qui explique leur stérilité et leur incapacité à se reproduire naturellement par les graines. Mais la facilité à manger les bananes s’accompagne d’une vulnérabilité agricole.
Les variétés stériles sont multipliées par des rejets ou par culture tissulaire plutôt que par les graines, ce qui rend les plants d’une même variété très semblables sur le plan génétique. Par conséquent, une maladie capable d’infecter un plant peut représenter une menace pour le reste d’une culture génétiquement similaire. La pastèque, elle aussi, n’a pas toujours été un fruit rouge, juteux et sucré.
La sélection a-t-elle seulement modifié le goût sucré de la pastèque et la couleur de sa chair?
Parmi ses parentes sauvages, certaines portent des fruits amers, à la chair pâle, contenant davantage de graines et moins de pulpe. Les études génétiques montrent que sa domestication s’est concentrée sur l’agrandissement du fruit, l’augmentation de sa teneur en sucre, la modification de la couleur de sa chair et la suppression de l’amertume. Les variétés sauvages de pastèque produisent des composés défensifs responsables du goût amer, mais la sélection agricole a entraîné la disparition de ces composés des fruits de la pastèque cultivée.
Ils n’ont toutefois pas disparu de la plante entière, puisqu’ils sont toujours présents dans des parties non comestibles, notamment les racines. La tomate, quant à elle, trouve son origine dans des plantes sauvages de l’ouest de l’Amérique du Sud, avant de gagner l’Amérique centrale et le Mexique, où elle a traversé de longues phases de domestication et de sélection agricole.
Certains de ses fruits sauvages ne pesaient que quelques grammes et contenaient généralement deux loges à graines. La sélection des fruits les plus gros au fil de saisons successives a produit de nombreuses variétés modernes à plusieurs loges, dont certaines peuvent peser environ un kilogramme. Ces variétés dépassent leurs ancêtres sauvages par dizaines en matière de taille, et l’augmentation atteint plus de 100 fois dans certaines comparaisons.
Les changements subis par la tomate ne se sont pas limités à sa taille: ils ont aussi concerné sa forme, sa couleur, l’épaisseur de sa peau, la période de maturation, la résistance aux maladies et la capacité à supporter le stockage. En revanche, l’accent a parfois été mis sur l’abondance de la récolte, la facilité de transport et l’allongement de la durée de conservation, au détriment de certaines qualités gustatives et olfactives.
L’origine principale de la pomme cultivée est liée au pommier sauvage « Malus sieversii » d’Asie centrale, en particulier à la région entourant les monts Tian Shan, au Kazakhstan. Pourtant, la pomme moderne n’est pas simplement un fruit plus gros que cet ancêtre: le déplacement des graines et des fruits vers l’est et l’ouest par les anciennes routes commerciales a contribué à la remodeler génétiquement.
Au cours de ce périple, les pommiers se sont hybridés avec d’autres espèces sauvages, notamment le pommier sauvage européen. Les analyses génomiques ont montré que la circulation des pommes sur la route de la soie constituait également une voie d’hybridation: les variétés ont acquis des caractères issus de plusieurs groupes sauvages, puis les humains ont conservé les arbres aux caractéristiques distinctives grâce à la greffe.
La pomme sauvage était très diverse: certains fruits étaient petits, acides ou astringents, tandis que d’autres étaient relativement gros et sucrés. Il n’existe donc pas une forme unique que l’on puisse considérer comme « la première pomme », mais un vaste ensemble d’ancêtres et de lignées ayant contribué à des degrés divers à la formation des variétés cultivées.
Selon les recherches, le concombre a été domestiqué en Inde il y a environ 3 000 ans à partir d’un parent sauvage plus petit et plus amer. Avec le temps, les agriculteurs ont sélectionné les plantes portant les fruits les plus longs et les plus charnus, contenant moins de « cucurbitacines », des composés responsables de l’amertume chez de nombreuses plantes de la famille des cucurbitacées. Les gènes de l’amertume n’ont toutefois pas nécessairement complètement disparu du concombre.
Certaines plantes peuvent donc produire des fruits amers lorsqu’elles sont exposées à certaines contraintes environnementales, ou en raison de caractères liés à la variété cultivée elle-même. L’aubergine cultivée descendrait d’une espèce sauvage asiatique appelée « Solanum insanum » (Solanum incanum), qui portait davantage d’épines et des fruits plus petits et plus amers. Au fil de la culture, les humains ont sélectionné des plantes moins épineuses, aux fruits plus gros et de meilleur goût.
Ce processus a entraîné une grande diversité de formes et de couleurs chez l’aubergine, qui ne se limite plus au fruit violet allongé: il existe des variétés blanches, vertes et rayées, ainsi que d’autres rondes ou longues. Son histoire détaillée reste à l’étude, mais les éléments disponibles indiquent qu’elle a traversé plusieurs phases de domestication et d’amélioration dans le sous-continent indien, en Chine et en Asie du Sud-Est.
Toutes les améliorations des fruits ne remontent pas à des périodes lointaines: le kiwi commercial en offre un exemple plus récent. Sa domestication à grande échelle a commencé au début du XXe siècle, après le transfert de ses graines de la Chine vers la Nouvelle-Zélande. Pendant des décennies, les agriculteurs ont sélectionné les fruits les plus gros, les plus savoureux et les mieux adaptés à la commercialisation, jusqu’à l’émergence de l’industrie mondiale du kiwi connue aujourd’hui.
La sélection agricole a rendu de nombreux fruits et légumes plus sucrés et moins amers. L’être humain est instinctivement attiré par le goût sucré, tandis qu’il rejette l’amertume, qui peut signaler dans la nature la présence de composés défensifs ou toxiques. La culture répétée de fruits contenant davantage de sucres ou moins d’acides et de substances amères s’est donc imposée.
L’augmentation de la taille et de la production ne signifie pas que tous les composants nutritionnels ont progressé au même rythme. Dans certains cas, la proportion d’eau ou d’amidon a augmenté et le fruit a grossi, sans hausse parallèle de certains minéraux et composés végétaux. La densité de ces éléments peut ainsi diminuer lorsqu’elle est mesurée pour 100 grammes, un phénomène appelé « effet de dilution ».
La valeur nutritionnelle ne dépend toutefois pas uniquement de la sélection et de la domestication. Elle est également influencée par la qualité du sol, les engrais et l’irrigation, la date de récolte et les conditions de stockage, ainsi que par l’augmentation du niveau de dioxyde de carbone dans l’atmosphère. Des revues scientifiques ont fait état d’une baisse de la concentration de certains nutriments dans plusieurs cultures, mais ce recul ne se produit pas dans les mêmes proportions et ne concerne ni toutes les plantes ni tous les nutriments.
À l’inverse, la domestication n’a pas été une suite de pertes. La carotte orange, par exemple, est riche en caroténoïdes, tandis que la réduction de l’amertume a rendu de nombreux légumes plus acceptables et plus faciles à manger. L’augmentation de la productivité des cultures a également renforcé la capacité à fournir de la nourriture à un plus grand nombre d’êtres humains.
Il est donc impossible de considérer la plante sauvage comme systématiquement meilleure. Elle peut être plus riche en un composé donné, mais aussi être plus petite, plus amère et plus difficile à digérer, voire contenir des composés défensifs indésirables. Les cultures domestiquées ont gagné en taille, en goût et en facilité de consommation, tandis que certaines variétés ont en revanche perdu une partie de la densité de certains nutriments.
Ce qui est consommé aujourd’hui est issu de plantes anciennes dont l’être humain a remodelé, sur des milliers d’années, le goût, la taille, la couleur et les modes de reproduction.
